Почти так же, как и сайт в обычном Интернете: поставить Apache, nginx или какой другой Web-сервер. Основное отличие — в файле конфигурации нужно указать, чтобы сервер слушал интерфейс, через который работает yggdrasil (имеет только IPv6 и адрес на 200:. Обычно эта директива называется Listen.
Если для yggdrasil-сайта нужно доменное имя, то для обычных доменных имён (типа .ru, .com) создаётся самая обычная запись AAAA-типа. Либо можно использовать альтернативную систему ALFIS на базе блокчейна (но домены в ней доступны только для тех пользователей, у которых тоже стоит ALFIS).

Ещё отмечу, что для запуска сайта в yggdrasil не подходит shared-хостинг (т.к. на нём не получится запустить само приложение yggdrasil, чтобы создать сетевой интерфейс). Нужен либо VDS, либо делать это на домашнем компьютере. А при выборе VDS ещё желательно проверять, не запрещён ли запуск подобного софта правилами.